Dependerá mucho de cómo esté escrito. Si lo tienes publicado en un fichero del theme original, lo mejor sería crear un tema hijo (child theme) en el que el código del footer.php sea el del hijo y no del padre.
Otra opción sería el de usar un plugin que cargue ese código.
ten presente que WordPress por defecto no deja escribir código PHP o JavaScript en los campos de texto del panel de administración o formularios, por defecto.
Buenas,
Es extraño, casualmente observo que eres cliente nuestro, ¿podrías abrir un ticket de soporte y lo revisamos?
https://www.loading.es/clientes/supporttickets.php
Indícanos el archivo que modificas todos los días y se borra. Quizás estás modificando el archivo incorrecto, un archivo de cache, etc.