Hola.
Es que el widget de Categorías es para las entradas y no tiene nada que ver con los productos, estos son tipos de entrada personalizados. WooCommerce tiene un widget propio que te muestra exclusivamente esas categorías: Categorías del producto.
Tienes que usar el widget adecuado en el lugar adecuado. Si consigues que tu cliente llegue a la tienda ¿para qué le vas a mostrar las categorías de las entradas?
Comenta si tienes alguna duda y, por favor, recuerda cerrar el debate marcándolo como resuelto cuando así sea, de esta forma nos ayudas a mantener el foro al día.