Como filtrar para su visualización posts de una misma query de menu de cateogia

No queda muy claor lo que pretendes hacer. ¿Quieres que los posts de una categoría en concreto se coloquen al principio? ¿Sólo en la primera página?

Yo creo que dejaría el listado tal como está, con el orden que desees, y haría un query secundario para mostrar lo que quieras al principio, a modo de widget o template part. Ordenar el query principal con un criterio primero, luego volver a ordenar los posts recibidos con otro criterio y todo esto en un listado paginado, es un poco lioso.

Antes de nada, dices que utilizas una taxonomía custom de tu theme pero en el código utilizas get_the_category(), una función que sólo funciona con la taxonomía «category» que ya viene con WordPress para las entradas o posts. No te funcionará con la taxonomía personalizada de tu theme.

Dicho eso, al lío ;).

Lo quería decir es que durante la solicitud a la base de datos, los posts se obtienen en un determinado orden, si luego para mostrarlos no quieres ese orden, tienes que volver a ordenar los resultados, y ahí entra el lío.

Y con lío no me refiero a que sea más o menos difícil de hacer, si no a los múltiples conflitos que genera, como estás comprobando en tus propias carnes.

Además, las categorías, o cualquier otra taxonomía, es un criterio para agrupar, no para ordenar. No lo olvides.

Por ejemplo, tienes un grupo de médicos y quieres ordenarlos por su especialidad. Es imposible y no tiene sentido. ¿Puedes ordenar por «pediatras»? No. Lo que puedes hacer es agrupar a esos médicos por especialidad. Por supuesto, puedes ordenar esos grupos como quieras, por ejemplo por orden alfabético, pero el orden de los integrantes del grupo no se pueden ordenar por «grupo», no tiene sentido, espero que entiendas la diferencia.

Si entiendes esta diferencia, puede que te sea más fácil construir el código con la lógica adecuada.

En mi opinión, en lugar de andar con ese lío de código en los templates, puedes utilizar el filtro the_posts o el action loop_start para reagrupar los posts del query pricipal. Por ejemplo, utilizando el action loop_start algo así debería funcionar:

add_action( 'loop_start', function( $query ) {
    if( $query->is_main_query() && $query->is_tax( 'mi_taxonomia' ) ) {
        usort( $query->posts, function( $a, $b ){
            // Si 64 el ID del termino de la
            // la taxonomía que qeires mover al pricipio
            return -1 * has_term( 64, 'mi_taxonomia', $a ) + 1 * has_term( 64, 'mi_taxonomia', $b );
	} );
    }
} );

Y en el template dejas el loop normal y corriente.

El código que puse funciona para cualquier loop. Si ya estás en un término específico de una taxonomía custom, y quieres aplicar el código sólo a ese término, puedes cambiar:

$query->is_tax( 'mi_taxonomia' );

Que identifica si estas en archivos de «mi_taxonomia» en general, con:

$query->is_tax( 'mi_taxonomia', 'un_termino' );

Para aplicarlo sólo si estás en el archivo de «un_termino» de la taxonomía «mi_taxonomia».

PD: lo que explicaba de que se puede ordener por «taxonomía» no es algo de WordPress, es algo que trae el concepto de taxonomía en cualquier campo. Piensa por ejemplo en la clasificación taxónomica de plantas o animales, puedes agrupar las plantas por familias, y puedes ordenar las familias en sí mismas, pero no puedes ordenar las plantas por familias. Espero que lo entiendas lo que quiero explicar.