Hola, leí tu mensaje en el otro foro y te seguí acá para seguir en el tema porque me interesa mucho.
En primer lugar, no, no tiene que ver con que el tema no esté en html5, sino por que probablemente el tema que utilizas, ya que el explorador de windows está muy por detrás en el cumplimiento de estándares, simplemente el IE no lo entiende, de hecho sería todavía más improbable que entendiera correctamente html5.
La verdad es que no es tan sencillo cambiar el código de xhtml a html5, los cambios serían muchos y no deberían ser solo en el html, sino también en los estilos definidos en el CSS, por eso se mueven los elementos de tu página cuando cambias un div por un section y así, ya que el CSS define estilos para un elemento div, probablemente con un id específico, y al cambiarlo a un elemento section, en el CSS no se entiende igual.
Lo mejor que te puedo recomendar es que busques temas y los pruebes en varios navegadores, antes de quedarte definitivamente con ellos. Toma en cuenta también que muchos temas modernos ya hechos en html5, también son responsivos (adaptables a diversos tamaños de pantalla), lo que los hace más amigables con las visitas que recibas desde móviles, que hoy en día ya son la mayor parte del público.
En específico te recomendaría probar con los temas Presswork y Sampression_lite, también twenty twelve que viene con WP 3.5 y también es responsivo.
