Creación de plantilla y url's

Saludos!

Vengo con una duda un poco abstracta. Desde la perspectiva de la creación de plantillas, cómo conviene plantear la configuración de permalinks?

Lo menciono porque tengo una plantilla con varios custom post types, uno de los cuales tiene su propia taxonomia y con la configuración predeterminada, funciona todo perfectamente, paginación incluida.

Sin embargo, cuando uso alguna de las opciones por defecto de WordPress para permalinks a veces funciona la paginación pero no lista por taxonomia, otras veces no funciona la paginación y si las categorías…

Se supone que debería preparar taxonomías y tipos de post personalizados para que funcionaran con cualquier opción de configuración de WordPress?

Siendo así, alguna orientación?

El problema práctico está aquí pero igualmente, no se que filosofía aplicar para las urls en una plantilla…

Disculpad si estoy en la sección incorrecta o es una pregunta críptica, pero ando un poco perdido.