Algo parecido ocurrió con una versión antigua de WordPress, que se solucionó en las actualizaciones posteriores. ¿Qué versión de WordPress usas?
La mas actual @lgrusin. Estoy por retrasar la versión de wordpress por debajo del 5.0
Volví a la 4.9.8 creo que es y por ahora todo genial
La versión actual de WordPress es la 5.2.2 y no tiene ninguno de esos problemas.
Sigo con el problema aunque atrase la versión, no entiendo nada
No atrases versiones, las actualizaciones son para solucionar problemas no para generarlos. Si algo no vas es porque tendrás código obsoleto, en plugins, temas o códigos propios.
Tendrás que probar desactivando todos los plugins porque alguno puede ser el causante. Incluso podría ser del tema, prueba con otro de los que Twentys que vienen por defecto con WordPress.
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Esta respuesta fue modificada hace 5 años, 1 mes por LGrusin.
@lgrusin por ahora parece que va bien después de toda la movida. El problema era con los permisos de mi servidor, de como estaba metiendo los archivos. Estaba metiendo al servidor los archivos como usuario root. Ahora las plantillas las estoy metiendo en un usuario normal y parece que ya no desaparecen.
Lo descubrí metiendo un plugin de file manager y al ver que tenia candados, di por sentado que si no podía modificarlo desde wordpress, un usuario normal cuando el cache actuase no lo podría visualizar.
Me alegro de que lo hayas resuelto.
Gracias por compartir la solución.