detectar CSS personalizado

Hola compañeros. tengo el siguiente problema.

Antes de conocer las consecuencias de actualizar la plantilla después de haber usado horas y horas para personalizarla, me veo en la situación de que no puedo actualizarla, con los problemas de seguridad que ello implica.

Entonces, leyendo sobre el tema, vi que utilizando el Plugin Custom CSS, puedes modificar el código de la plantilla, y cuando la actualizas, mejora la seguridad y otros aspectos, pero no el código metido en Custom CSS.

La duda cual es? Como puedo detectar de manera rápida o automática las diferencia entre el CSS original y el modificado por mí, para introducirlo en el Plugin.