Error 404

Hola,
hace poco he migrado todas las webs que he creado a mi hosting personal para tener copias operativas de estas, todas están en el mismo dominio en directorios diferentes. El problema que tengo es que en todas ellas, la página principal se visualiza perfectamente, pero al hacer clic en un enlace me muestra «404 Not Found».
He estado buscando por foros y googleando un poco y en todos los sitios indicaban que era un problema de permalinks. He modificado/regenerado/eliminado … etc y el resultado siempre ha sido el mismo.
¿Alguien me podría ayudar a resolver esto o me podría indicar por donde buscar?
Gracias por el tiempo