Error con stock en articulos con variaciones

Hola,

Tenemos una web que se dañó y tuvimos que volver a instalar y configurar la plantilla.

Nos hemos dado cuenta que desde entonces, todos los artículos que tienen variaciones tienen en cada variación 2 de stock, y si anulas el control de stock (nuestra web el 90% de los artículos no tiene control de stock al ser bajo pedidos) no guarda los cambios y sigue apareciendo 2 de stock, por lo que si un usuario pide 3 unidades no se lo permite.

¿Alguien le a ocurrido o sabe donde podemos mirar para reparar este error?

Gracias.

La página con la que necesito ayuda: [accede para ver el enlace]