Malware que escribe los archivos javascript

Hola gente, mi sitio esta infectado por un malware que agrega codigo a mi archivos JS. Todavia sigo buscando el agujero para solucionarlo, pero por lo pronto necesito a traves del htaccess o de los permisos chmod evitar que se escriban sobre esos archivos.
Los archivos que me ataca son los de wp-includes/js, wp-admin/js y los js de mi plantilla.
Hay alguna forma de evitar la escritura o modificacion de esos archivos?
Gracias