Migración de sitio web en WP en XAMPP con Windows a WP con LAMP en Debian

Hola a todos,

En primer lugar disculpas si esto ya está resuelto pero no acabo de encontrar una solución o forma de preguntar concreta. Soy completamente nuevo en WP (2 semanas que llevo a ratos pegándome con el).

Instalé WP en Windows 7 usando XAMPP como entorno para apache, php y mysql. Hice la misma instalación en dos pcs diferentes (trabajo y casa). Después de eso instale una plantilla que compré y me puse a diseñar mi web. Para copiar mi sitio y tener la versión actualizada en ambos sitios directamente lo hacía a lo burro: copiando la carpeta de xampp entera y sustituyéndola en el otro PC. Hasta ahí bien.

Ahora mi problema es el siguiente: Quiero migrar ese sitio web que he hecho a un servidor que me he montado con Debian 7.7. He probado dos opciones:

1) Instalando wordpress con apt:
1.a) Usando la versión para wheezy (3.6)
1.b) Cambiando el sources.list para que use sid y me bajara la 4

2) Instalando los componentes de LAMP uno a uno (apache, mysql y php) con apt y luego metiendo wordpress a partir del fichero .tar.gz

En ambos casos consigo llegar a instalar wordpress correctamente de una forma u otra y todo parece funcionar.

Pero aquí viene el problema: cuando trato de exportar mis datos de mi sitio en Windows a mi sitio en Linux siempre algo parece no ir bien. Fundamentalmente: no se copia la configuración que tenía mi WP en Windows (todos los datos de la plantilla, la configuración de WP (permalinks hosts, etc..)) aparecen los que vienen por defecto en WP y no aquellas con mi configuración original. Eso hace que al importar el sitio web (bien sea copiando a lo bruto o mediante plugins como backup-wp) mi página no se vea bien: no detecte por ejemplo las imágenes que estaba usando, a pesar de estar copiadas a la carpeta uploads de wp-content, los links no apunten bien, etc.

En definitiva, parece un problema total de configuración. ¿Alguien me podría echar una mano sobre como debo hacer el proceso de migración de uno a otro sitio para que todo aparezca como debe?

Gracias