Modificación de .htaccess

Hola, necesito ayuda con un inconveniente que estoy teniendo hace unas semanas.
Tengo instalado un wordpress en una subcarpeta ya hace unos años, siempre funcionó perfecto. Desde hace unas semanas 1 vez al día se me cambia la configuración del htaccess, este esta configurado para que indique que esta en una subcarpeta en el root y se modifica diciendo que esta en el root.
La única diferencia es que tengo configurado en el servidor un redirect de dominio y es por eso que en el settings> general tengo configurado el dominio sin la carpeta y la indico en el htaccess . Lo raro es que hace 2 años funcionó bien así y de repentinamente dejó de hacerlo.
La solución es subir la carpeta wp_admin y wp_includes y el htaccess correcto y fulge a funcionar por 24-48 hs y vuelve a cambiar la configuración.
¿Alguien puede ayudarme y ver como solucionarlo?

Muchas gracias!