Multisite con subdirectorios

Hola,
Dispongo de un servidor web con diversas instalaciones de wordpress.
En una de estas instalaciones necesitaba crear un multisite con subdirectorios. He conseguido instalarlo correctamente pero al crear el subdirectorio y acceder mediante el superadministrador al escritorio (dashboard) de este nuevo directorio me pide de nuevo usuario y password para entrar al administrador y al acceder no veo ni los themes ni los plugins que tengo instalados en la red o superadministrador. El nuevo subdirectorio en el FTP se debe crear dentro de la carpeta del wordpress principal no? Cuál puede ser el problema?
Muchas gracias,