¿Qué ajustes/plugins usas para aplicar las políticas de precios?

O sea, que tienes solo esto:

Y quieres aplicar más reglas, ¿excluir de ese método de envío a los productos rebajados? ¿a todos o solo a algunos?

Si es así he encontrado estos plugins que permiten añadir una casilla a los productos que quieras excluir del envío gratuito por tu regla:
https://wordpress.org/plugins/woocommerce-advanced-free-shipping/
https://wordpress.org/plugins/pw-woocommerce-exclude-free-shipping/

Otro plugin, este de pago, es el Supershipping de Woodemia, que también incluye esas opciones.

Yo pensaba inicialmente en las clases de envío, y aplicar una clase de envío pero no se pueden por defecto aplicar al Precio gratuito. Pero lo que sí puedes hacer es crear una clase de envío que aplique coste cero a un método de envío en principio con coste fijo, y que en cada producto apliques esa clase de envío, pero claro, pierdes la automatización por precio en el carrito. O sea, que no se puede así.

Ahora bien, con este truco se pueden aplicar clases de envío a ciertos productos. Igual que con este otro truco.