Siguiendo la recomendación de Juan Carlos, te comento que los ajustes concernientes a la descarga de los documentos para ese plugin, los encuentras en WooCommerce > Facturas PDF > Documentos > Factura.
En esta sección, casi al final, conseguirás el ajuste Permitir descarga de facturas en «Mi cuenta», donde podrás configurar la disponibilidad de los documentos para los clientes:
Las opciones disponibles para este ajuste son:
Solo cuando ya se haya creado/enviado una factura;
Solo para estados de pedido específicos (te permite elegir estados donde permitirías a los clientes descargar el documento);