Problema con los permalinks en custom post type y taxonomias

Hola,

Estoy trabajando en un proyecto de desarrollo con WordPress, pero estoy teniendo algunos problemas con los permalinks. Estoy intentando solucionar este tema, pero lo que he conseguido hasta el momento es, que me funcione mi Custom Post Type y el listado de Taxonomías, pero me dejan de funcionar las páginas, post, paginación, feed. Espero que alguien me pueda ayudar con mi problema.

El problema:
Las Urls que queremos conseguir son las siguientes:
Para los custom post type:
http://www.test1.es/tests/elecciones/ => http://www.test1.es/elecciones/
Para las custom taxonomies:
http://www.test1.es/my_taxonomy/arte/ => http://www.test1.es/arte/

Solución que he probado:
He probado con este código para reescribir los permalinks para mi tipo personalizado y la taxonomía.

// Set permalink.
add_action(‘init’, ‘set_permalink’);
function set_permalink()
{
global $wp_rewrite;
// Configuro.
$wp_rewrite->add_rewrite_tag(«%my_taxonomy%», ‘([^/]+)’, «categoria_tests=»);
$wp_rewrite->add_permastruct(‘my_taxonomy’, ‘/%my_taxonomy%’, false);
$wp_rewrite->add_rewrite_tag(«%tests%», ‘([^/]+)’, «tests=»);
$wp_rewrite->add_permastruct(‘tests’, ‘/%my_taxonomy%/%tests%’, false);

// Limpia las reglas de re-escritura.
flush_rewrite_rules();
}

Y estoy usando el código de la página de @viper007bond, he añadido la etiqueta %my_taxonomy%, para mi Custom Post Type.
http://www.viper007bond.com/2011/10/07/code-snippet-helper-class-to-add-custom-taxonomy-to-post-permalinks/

Bueno no sé si me habré explicado bien.

Salu2 y muchas gracias por adelantado.