Problema permalinks (Objeto no encontrado, 404)

Hola a todos,
Llevo varios dias intentando arreglar un problema. No se por que razon los links de mi sitio web dejaron de funcionar.
Cuando intento acceder a ellos, el servidor me devuelve un error:
Object not found!
error 404 …..
He buscado por todos los foros, y no he podido encontrar una solucion valida.
Os comento un poco;
Tenemos un servidor que funciona con AMPServ (un servidor que integra apache, mySql y PHP) que corre bajo windows server 2008.

He editado el archivo .htaccess y cambiado los privilegios (desde windows server) y seguia sin funcionar.
Tengo el mod_rewrite activado en el apache, y he modificado en httpd.conf

<Directory "D:/APMServ5.2.6/www/htdocs/----------------">

 AllowOverride All
  <IfModule mod_rewrite.c>
  RewriteEngine On
  RewriteBase /
  RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
  RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
  RewriteRule . /index.php [L]
  </IfModule>

Tambien he creado un nuevo sitio de wordpress y me sigue dando el mismo error.
He migrado el sitio a local, y al activar el mod_rewrite parece que funciona, pero en el servidor sigue sin funcionar.
Alguien tiene alguna idea.