problemas con shortcodes y wp3.5

Hola, yo habia creado unos plugins, personalizados, que usaban shortcodes, para mostrar contenidos en mis paginas y desde que se actualizo a 3.5, el contenidos me salen dos veces, antes del header y dentro del contenido… solo deberian aparecer en el contenido, no antes del header, alguien sabe como corregir esto??