Rutas relativa para funciones jquery en temas wordpress

Buenas… estoy pasando un tema creado por mi a wordpress y se que hay que cambiar el html por funciones propias de WP para cambiar las rutas.
Mi pregunta es.. las rutas relativas en los archivos externos de jquery que meto en el html pueden mantener sus rutas relativas a imagenes y demás? Lo comento por que no me funciona el los script de jquery al meter el tema en WP