SEO, WordPress y Giving its own directory

Hola,

Me ha surgido una duda que no sé si realmente tiene mucho sentido. Os comento: Normalmente trabajo con WordPress instalado en subfolders. Entonces cuando lo tengo listo, aplico Giving Its Own Directory para tenerlo en el raíz.
Luego voy creando copias consecutivas con Duplicator ,que funciona de escándalo, y voy trabajando el subfolders (cambios, actualizaciones, etc..) dejando siempre activo la web en el raíz.

Esto implica que tengo conforme aplico el directorio raíz a mis versiones en los subfolders, la ruta de directorios cambia, por ejemplo: http://www.misitio.com/version1/wp-content… http://www.misitio.com/version2(wp-content…

Pero mi sitio siempre es visitable en http://www.misitio.com.

Pregunta: ¿Es contraproducente esta manera de trabajar con respecto al SEO? ¿Estoy volviendo loco a Google Bot porque cada que hago modificaciones cambio la ruta de los archivos?