Tras migrar, error 404 en archivos con tildes

Hola, buenas, compañeroas/as.

Hoy traigo un caso de sistemas, a ver si me podéis echar una mano, por favor.

Tras migrar de servidor, ha cambiado la codificación de caracteres de la base de datos y me devuelven 404 todas las imágenes y PDFs que tienen caracteres con tildes. La web tiene español, francés y portugués, con lo que son cientos los nombres de archivo que tienen caracteres no admitidos.

Ahora mismo en la base de datos en producción están guardados esos caracteres modificados con % y otros caracteres extraños, por eso da error 404, porque no coincide lo que está en la base de datos con el nombre del archivo.

He probado a cambiar la codificación de caracteres de la base de datos a UTF8, exportarla como mysql40 y volver a importarla, pero esto no soluciona el problema.

En local sí funciona todo correctamente. Pero al subirlo a producción, da el error.

Si subimos a Medios un archivo nuevo con ñ, sí funciona, porque ya utiliza la codificación correcta de caracteres.

He probado a subir toda la carpeta UPLOADS con un TAR.GZ pero no ha funcionado porque claro, hace falta modificar también la base de datos.

Creo que la solución sería:
1) Reemplazar los archivos (con Enable Media Replace, uno a uno, sabiendo que son cientos).
2) Intentar modificar todos los caracteres en la base de datos con un script.
3) Que alguien conozca un plugin como el Enable Media Replace pero que funcione por lotes o un Regenerate Thumbnails que valga para PDFs y no solo para imágenes (esto no lo he probado en las imágenes pero me imagino que sí funcionaría).

¿A alguno/a de vosotros/as le ha pasado algo parecido? ¿Cómo lo habéis solucionado?

¡Muchas gracias de antemano!