Hola
Bienvenida al foro de soporte, tu consulta no está relacionada con instalaciones multisitio, por eso la separé como una consulta nueva.
El primer dominio seguramente es el que asociaste a la cuenta del hosting al momento de contratarlo, por defecto seguramente está configurado para que la instalación se haga en la carpeta public_html, ahora las siguientes instalaciones se hacen en nuevas carpetas, cuando creas el dominio adicional, vamos a llamarlo (dominio2.xxx) por defecto se crea un nuevo usuario FTP y una carpeta con el mismo nombre del dominio en la carpeta public_html, en esa carpeta es donde debes crear la nueva instalación (siguiendo con el ejemplo sería en public_html/dominio2.xxx).
Si vas a hacer una instalación automática debes seleccionar el nombre del nuevo dominio y la instalación se creará en la carpeta correspondiente, si vas a hacer la instalación manual debes identificar cuál es la carpeta y hacer la instalación en ella.
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