El plugin de slider que yo uso es WP JQuery Lightbox, usa Javascript. Probé a tocar los CSS del plugin, asignando un z-index alto a la capa de la presentación pero no funcionó, así que me puse a probar con la propia cabecera del tema y funcionó a la primera prueba, con el código que te he incluido más arriba. No he investigado más, simplemente me funcionó y así se queda.
Hola. Me pasaba lo mismo. Lo que hice fue modificar el archivo css de mi tema y en la definición de la cabecera le añadí lo siguiente: position: relative; z-index: 1;
Para mi caso, quedó así:
div#header {position: relative; z-index: 1;}