Puedes poner el enlace de Home manualmente en el menú, por ejemplo, tengo un enlace en mi Blog que apunta fuera del mismo, podrías hacer lo mismo e indicarle al menú cuál es la dirección correcta de la página principal de tu blog en inglés… aunque también puede tener algo que ver con el tema que utilizas, cuál es?
La primera pregunta y la más importante es que volumen de visitas tienen actualmente estos dominios o Webs que vas a dar de alta. Por ejemplo en un VPS normal como el que uso en mi web tengo unos 17 dominios, es decir, ninguno tiene un volumen de visitas considerable como para preocuparme, y va fenomenal… si los 50 dominios no van a tener un volumen alto de visitas es indiferente si lo haces en Multisite o individuales, el consumo es el mismo…
