Parece ser un problema bastante extendido.
Una solución que hemos encontrado es:
- Bajarse la versión 4.0 de es.wordpress.org.
- Descomprimir el archivo ZIP.
- Subir la carpeta wordpress/wp-content/languages por FTP a la carpeta /wp-content/languages de la instalación de WordPress.
Así se actualiza el idioma y desaparece el mensaje de la administración de que hay una actualización de idioma pendiente.