Perdona, pero no acabo de ver clara tu situación…
1- Si lo que necesitas es personalizar un THEME que te has instalado. Lo que debes hacer es un child theme, para que al actualizar el tema (plantilla) no pierdas los cambios. Aqui te dejo un artículo explicando como hacerlo: http://www.cabohe-themes.com/blog/como-crear-un-child-theme-en-wordpress/
2- para comparar archivos deberías instalarte un editor de código como Sublime Text (u otro)… o simplemente usar esta página: https://www.diffchecker.com/
Si lo que quieres es comparar todo el THEME o PLUGIN quizás te sea de utilidad esta aplicación (http://www.freefilesync.org/) aunque yo no la he usado nunca creo que compara directorios.
saludos
Como te han comentado es un tema de Hosting, dependiendo de como se ejecute PHP (CGI o módulo) puede provocar este error
Lo ideal sería eliminarlo del theme a través de una función / hook, pero sin conocer el theme es complicado saber como hacerlo.
Si te basta con ocultarlo, puedes añadir a tu style.css esta línea:
body.home ul.cart_dropdown{display:none;}
Saludos