De momento cambiando la versión del JetThemCore de la 2.0.0 a la 1.2.2 se ha solucionado. Lo que no se si ha cambiado otra cosa.
Me pasa lo mismo se descuadra tanto los atributos como las variaciones, de hecho abrí un hilo ayer y nadie lo ha contestado.
Lo que no sabía es que fuera el JetThemeCore
Gracias @fernandot ! Lo he buscado de mil maneras menos por steps… A ver que encontramos