¿Has pensado un redireccionamiento 301? Hay pluggins que van muy bien con la versión 3.2.1.
Consigues evitar el error 404 tan molesto y seguir con páginas indexadas en google que atrapan búsquedas.
Estaría bien desactivar todos los pluggins y si tienes un tema también, antes de hacerlo. Si todo va bien, vete activando pluggin por pluggin y comprobando que funcionan bien las cosa. Deja inactivos aquellos que te den fallo y espera a su actualización o busca otros que esté comprobado su funcionamiento (seguramente les falta actualizarse para la nueva versión).
A mi entender, para una activación manual, puedes borrar de tu servidor las carpetas «wp-admin» y «wp-includes» y subir las nuevas íntegramente. NO borres «wp-content» de tu servidor.
Una vez hecho esto, abre el navegador y escribe: http://www.tudominio.com/wp-admin/upgrade.php. («tudominio» con el nombre de tu dominio)
