a mi me ha pasado que para que cargue los estilos css que yo pongo las hoja de estilos debe cargarse ultimo, justo antes de que se cierre el header.
<link href=»<?php echo get_template_directory_uri(); ?>/style.css» rel=»stylesheet»>
<?php wp_head(); ?>
</head>
donde lo estas poniendo?
yo quiero mezclar javascript con php pero no me funciona tampoco.