Hola blastofshadows y miguelophone, puede que os valga la respuesta.
La mayoria de los casos en que suceden estos comportamientos, tienen que ver con las prioridades asignadas.
Hola unykachdesign, comprueba la prioridad de los métodos de envío.
Recuerda que la prioridad de mayor a menor viene dada por la posición que ocupan en la tabla.
Es decir, situa en primer lugar el método de envío gratuito y luego el resto de métodos en función de las necesidades.
Hola @unykachdesign,
¿Puedes adjuntar un pantallazo sobre cómo has configurado el envío gratuito?
Revisa también posibles incompatibilidades con otros métodos de envío.
Por favor, describe trambién un caso con un producto concreto. No he conseguido reproducir la incidencia de la forma que comentas.
Saludos.