Hola. En un e-commerce es difícil evitar el contenido duplicado. El problema no es tanto que Google penalice, sino que si encuentra el mismo contenido en varias URLs no sabe cual es la más relevante y acaba no mostrando ninguna.
En un mundo ideal cada producto debería estar sólo en una categoría. Si es necesario que tus productos estén en más de una, puedes indicar cual es la categoría principal. Si usas Yoast, hay una casilla para eso.
Para analizar el contenido interno de tu web hay varias herramientas online. A mí me gusta Siteliner.
Para el contenido duplicado externo, Copyscape por ejemplo.
Y para analizar a fondo tu sitio tienes Screaming Frog.
De todas formas, a ver si algún especialista en SEO puede dar información más precisa.
Un abrazo.
