Ya chequé y no lo tengo deshabilitado. Por si ayuda lo siguiente: primero tenía un encabezado, transparent header me parece que se llama, y después descargué el plug in mencionado en mi post porque vi que podía hacer más cosas para mejorarlo. Fue entonces que desapareció el menú que había, y tampoco vi una opción de configurar uno nuevo con el este plug in, solo me aparece hacer uno con wordpress pero no sale estético ni cómo modificarlo.
Si, sólo esa me aparece, abajo la opción de footer.
Gracias por responder @mercedes-blogalizate. Pues veo que está ubicado como menú primario, ¿supongo que así debe de ser?