Saludos @tiendaunclick ¿Cúal plugin usaste para mostrar los recios de tener dos monedas al mismo tiempo?
Este plugin https://es.wordpress.org/plugins/woocommerce-currency-switcher/ te permite hacer escoger el método de pago según tipo de moneda y también escoger el tipo de moneda en el checkout. No sé si te serviría eso.
Saludos,
Memento