@lgrusin por ahora parece que va bien después de toda la movida. El problema era con los permisos de mi servidor, de como estaba metiendo los archivos. Estaba metiendo al servidor los archivos como usuario root. Ahora las plantillas las estoy metiendo en un usuario normal y parece que ya no desaparecen.
Lo descubrí metiendo un plugin de file manager y al ver que tenia candados, di por sentado que si no podía modificarlo desde wordpress, un usuario normal cuando el cache actuase no lo podría visualizar.
Sigo con el problema aunque atrase la versión, no entiendo nada
Volví a la 4.9.8 creo que es y por ahora todo genial
La mas actual @lgrusin. Estoy por retrasar la versión de wordpress por debajo del 5.0