Yo tenia el mismo problema y lo he solucionado de la siguiente forma:
Con filezilla, creas la carpeta uploads dentro de wp-content.
Posteriormente le das al boton derecho señalando la carpeta y seleccionas «atributos del archivo». Tienes que activar las opciones de escribir en permisos publicos (en el de permisos de grupos activalo tambien por si acaso).
Y oye, mano de santo, con esto ya puedo subir cualquier tipo de archivo.
Espero que te sirva de ayuda
