Hola @kallookoo!
Hoy estuve revisando mucho el tema y finalmente logré integrarlos. No estoy seguro que de la manera correcta, pero logré hacerlos andar.
Al final no utilicé el container phpunit, sino que lo instalé con composer en la carpeta del proyecto y para configurarlos utilicé wp-cli. Al agregar el archivo bootstrap.php con wp-cli, agregué dos contantes que me permitieron configurar el theme para los tests y el archivo de configuración para usar la versión de tests que crea wp-env.
define( 'WP_TESTS_CONFIG_FILE_PATH', '/var/www/html/wp-config.php' );
define( 'WP_DEFAULT_THEME', 'theme_folder_name' );
Creo que no debe ser la forma correcta de usarlo, pero por lo pronto cumple la función de correr los tests.
No lo cierro al ticket por si alguien tiene una solución más óptima para el tema.
Gracias por la ayuda.
