Si modifico el tema, al actualizar pierdo los cambios?

Hola!
He leído que al tocar los archivos css directamente, si luego actualizas el tema pues se pierden los cambios, lo que es lógico. Lo que no sé es si cambias el css u otras cosasa través de las opciones que te permite el tema, es decir, sin tocar código, si luego al actualizar también se pierden los cambios. Porque el css se cambia igual, ¿no? Pero igual esto queda registrado en la base de datos o qué se yo.

Si la respuesta es «depende de la plantilla», pues estoy trabajando con Bretheon y con Oblique, así que especifico la pregunta para esos dos temas.

Mil gracias por vuestra ayuda!!